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学院与国内外科研院校、大型医药企业和地方政府紧密联系，开展多层次合作。学院与美国“生物硅谷”圣地亚哥的Sanford-Burnham医学研究所、新加坡分子与细胞生物学研究院等国外一流院校签署留学交流协议，培养国际型人才；与东阿阿胶集团、钱山集团、海门慧聚药业、厦门艾德生物、鹰君药业、武夷山元生泰生物科技、台湾微晶生物等医药企业开展教学、科研多方面合作，建立若干教学实习基地和校企科研中心；与本地市及柘荣县政府、海门市临江新区等签订战略协议，全面拓展产学研合作。

学院拥有优秀的综合办学条件，发展空间广阔。学院位于厦门大学翔安校区，教学、科研大楼总面积一万五千平方米，具备国际一流水准的科研硬件条件，建有成熟的教学实验室、高等级PI实验室；并设立了含总价值三千多万元大型仪器的“分析测试中心”，对校内外开放服务。学院立足海西、面向国际，努力建设成为我国重要的自主创新药物研发中心与专业人才培养基地、海峡西岸经济区生物医药产业创新与产业化动力源头。