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根据教育部、科技部教高2号文件：关于批准在北京大学建立“国家集成电路人才培养基地”的精神，北京大学经2004年4月20日第531次校长办公会研究决定，将“北京大学软件学院”与“北京大学国家集成电路人才培养基地”结合，“北京大学软件学院”更名为“北京大学软件与微电子学院”。

2003年12月，在教育部组织的对全国35所示范性软件学院中期评估中，北京大学软件学院综合评比排名第一，被誉为“示范中的示范”；2004年11月9日，学院荣获“北京大学教学成果一等奖”；2004年12月9日，荣获“北京市高等教育教学成果一等奖”；2005年9月,荣获高等教育“国家级教学成果一等奖 ”。

北京大学软件与微电子学院按照建设世界一流大学的总体规划来建设，是按新模式建立、新机制运行的北京大学直属学院，学院实行理事会领导下的院长负责制，探索多途径合作办学的管理体制与运行机制，与国内外企业合作，拉动社会资金投入，实行运作企业化，办学专业化和后勤社会化，实现培养高层次、实用型、复合型国际化人才的目标。 北京大学软件与微电子学院秉承北京大学“民主科学、兼容并蓄”的传统，坚持北大“勤奋、严谨、求实、创新”的学风，以坚持创新创业、坚持面向需求、坚持质量第一为建院宗旨。

经过一段时间的发展，初步形成了一个学院（北京大学软件与微电子学院）、两个学科（软件工程学科、集成电路设计与工程学科）、四个基地（国家软件人才国际（北京）培训基地、国家集成电路设计人才培养基地、软件工程国家工程研究中心北京工程化基地、无锡产学研合作教育基地）的综合性软件与微电子人才培养实体。

北京大学软件与微电子学院是经国家教育部、国家计委批准成立的“国家示范性软件学院”，也是教育部和科技部设立的“国家集成电路人才培养基地”。

软件与微电子学院从建院起，就以"创建世界一流软件与微电子学院"为己任。学院秉承北京大学"民主科学、兼容并蓄"的精神，坚持北大"严谨、勤奋、求实、创新"的校风；以坚持改革开放、面向需求、质量第一为建院宗旨；以培养多层次、实用型、复合型、国际化软件与微电子人才为目标；按照企业和领域需求确定培养方向，按照产业需求不断调整专业方向，形成灵活的课程体系，动态的教学计划；按照社会主义办学方向，将人文科学与前沿技术教育贯穿始终，全面加强素质教育，重点培养学生的创新、创业精神和实践能力；学习借鉴国际人才培养经验，努力实现教学模式创新，管理体制创新，教学内容创新，课程设置创新，教学方法创新。