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吉林医药学院前身是1952年在辽宁鞍山创办的鞍山军医中学；1961年1月改编为空军卫生学校，迁址吉林省长春市；1975年5月组建为空军军医学校，迁址吉林省吉林市。

1986年10月更名为空军医学专科学校；1993年6月更名为空军医学高等专科学校；1996年起，学校与白求恩医科大学联合培养硕士研究生，1999年作为第四军医大学的分院独立开展研究生教育。1999年5月更名为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院；2004年8月学校整体移交吉林省，更名为吉林医药学院。

截至2013年5月，学校有专任教师568人，其中硕士、博士学位教师352人，高级职称219人。享受国务院政府特殊津贴1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，省有突出贡献中青年专业技术人才1人，省拔尖创新人才3人，省级教学名师2人，省优秀教师1人，省师德先进个人3人，省教育系统巾帼建功标兵2人，吉林市学术带头人7人。担任省一级学会理事长及国家二级学会理事以上职务26人，省优秀教学团队5个（组织学与胚胎学教研室、物化学与分子生物学教学团队、药剂学课程教学团队、“思法”与形势政策课教学团队、外科学教学团队）。

截至2013年5月，学校下设人文社会科学学院、基础医学院、临床医学院、药学院、护理学院、公共卫生学院、检验学院、口腔影像系、军事体育教学部9个教学院、系，图书馆、信息中心、直属医院3个直属单位。有附属医院6所，各类实践教学基地113家。

截至2013年5月，学校有省“十二五”优势特色重点学科2个（外科学、药剂学），省卫生厅重点专科2个。

开设预防医学、临床医学、医学影像学、医学检验、医学检验（临床输血）、药学、药学（临床药学）、药物制剂、护理学（英语护理）、护理学、应用心理学（医学心理学）、生物技术、生物医学工程、食品质量与安全、公共事业管理（卫生事业管理）、市场营销（医药营销）、信息管理与信息系统17个本科专业及专业方向，临床医学、口腔医学、医学检验技术、医学影像技术、药学、护理学6个专科专业，涵盖医、理、工、管4个学科门类。

截至2013年5月，学校有国家级特色专业1个（临床医学专业生殖医学方向），省级特色专业4个（药学、临床医学生殖医学方向、应用心理学医学心理学方向、护理学英语护理方向）。省实验教学示范中心2个（临床技能实验教学中心等），国家级精品课程1门（组织学与胚胎学），省级精品课程14门，省级优秀课程31门。